Что касается архитектуры, то операционная система z/OS сохранила основные принципы организации и большинство компонентов, использованных в OS/390. Изменения коснулись функциональности отдельных модулей системы, но главное, что следует отметить, это появление новых важных компонентов:
С 2002 года в рамках семейства операционных систем z/OS выпускается специальная версия под названием z/OS.e, предназначенная для установки только на серверы серии z800. Сохраняя базовые возможности и преимущества z/OS, z/OS.e ориентирована на поддержку информационных систем электронного бизнеса, построенных исключительно на Internet-протоколах и технологиях Websphere Application Server и DB2 и использующих приложения, написанные только на языках Java и C/C++. Выбор z/OS.e является экономичным решением для многих бизнес-приложений.
В ответ на пожелания пользователей периодичность выпуска новых релизов z/OS и z/OS.e была увеличена по сравнению с OS/390 с 6 до 12 месяцев, что позволило снизить затраты на проведение обновления.